中央流行疫情指揮中心6月5日表示，為推動COVID-19疫苗大規模接種作業，指揮中心已編列經費約40億元並自2021年6月7日（一）起實施獎勵COVID-19疫苗合約醫療院所作業。指揮中心指出，特別條例修法於5/31經立院三讀通過後，相關預算也於6/3於行政院會通過，用於請合約醫療院所免費提供民眾COVID-19疫苗接種服務，另還有編列費用補助22縣市政府，及辦理社區和大型接種站的所需經費，以加速全民接種速度，儘早達成群體免疫效果。

指揮中心強調，防疫相關政策皆秉持中央與地方「標準一致、做法一致、腳步一致」防疫原則，推動各項措施，也請相關單位及民眾主動積極配合，與政府共同努力，嚴守社區防線。

指揮中心提醒，目前開放之公費接種對象，雙北地區為第一類至第三類未曾接種第一劑疫苗之醫事、防疫人員及高接觸風險者優先接種；雙北以外之縣市為未曾接種疫苗之第一類醫事人員為接種對象，並視疫苗接種進度，逐步開放至第二、三類及機構對象。而未開放之公費對象，將於後續陸續開放公費接種。